AZƏRBAYCAN MİLLİ ELMLƏR AKADEMİYASININ ARXEOLOGİYA, ETNOQRAFİYA VƏ ANTROPOLOGİYA İNSTİTUTU AŞAĞIDAKI ŞÖBƏ, SEKTOR VƏ BÖLMƏLƏRDƏN İBARƏTDİR:

Daş dövrü şöbəsi
Eneolit və ilk tunc dövrü arxeologiyası şöbəsi
Tunc və ilk dəmir dövrləri arxeologiyası şöbəsi
Azərbaycanın antik dövr arxeologiyası şöbəsi
İlk orta əsrlər arxeologiyası
Orta əsrlər şöbəsi
Etnoarxeologiya şöbəsi
Arxeoloji xidmət şöbəsi
Epiqrafika şöbəsi
Numizmatika şöbəsi
Tarixi etnoqrafiya şöbəsi
Müasir dövr etnoqrafiyası şöbəsi
Etnososiologiya şöbəsi
Elmi ekspozisiya şöbəsi (Arxeologiya və Etnoqrafiya Muzeyi)
Şəki arxeoloji-etnoqrafik qrupu
Yeni tikinti sahələrinin arxeoloji tədqiqi sektoru
Çöl tədqiqatları sektoru
Azərbaycanın arxeoloji abidələrinin toplusu sektoru
Arxeoloji texnologiya sektoru
Nəşrlər və elmi əlaqələr sektoru
Arxeologiyada Informasiya Texnologiyalarının tətbiqi sektoru